წმინდა იოანე ზედაზნელი დასაფლავებული იყო მისთვის საგანგებოდ აშენებულ ეკვდერში. VIII საუკუნეში კათალიკოსმა კლემენტოსმა ააგო სამნავიანი ბაზილიკა და წმინდა იოანეს ეკვდერი მასში ჩართო. მონასტერი გაშენდა და კეთილმოეწყო წინამძღვარ გაბრიელის დროს, IX საუკუნის I ნახევარში, აშენდა კარიბჭე, მიქაელის დროს - სადიაკვნე, მიქაელის მიერ - "აკლდამასა თანა" ეკვდერი, X საუკუნის ბოლოს ეკლესია განადიდა ზაქარიამ, სამოელმა - მარანი ქვითკირითა ქმნა და სხვა. ზედაზნის ციხე და მონასტერი XI საუკუნემდე კახეთის სამეფოს მისადგომებს იცავდა. 1101 წელს დავით აღმაშენებელმა ზედაზნის ციხეში თავშეფარებული თურქ-სელჩუკთა და კახეთის მეფის კვირიკეს ლაშქარი საბოლოოდ გაანადგურა. მან კახთა მეფეს "წარუღო ციხე ზედაზენი" და თავის თანამებრძოლს ნიანია ბაკურიანს გადასცა. 1479 წლიდან ზედაზნის მონასტერში ზედგინიძე-გურამიშვილების საგვარეულო საძვალე იყო. 1705 წელს აქ სამონასტრო ცხოვრება დროებით შეწყდა. XVIII საუკუნეში აიგო სამრეკლო და ბერთა სენაკები. ამავე საუკუნეში ეკლესია განაახლა კათალიკოსმა დომენტიმ. XIX საუკუნეში, ეპისკოპოს ალექსანდე ოქროპირიძის წინამძღვრობის დროს, კვლავ განახლდა სამონასტრო ცხოვრება. 1889 წელს ეკლესია შეაკეთა გურია-სამეგრელოს ეპისკოპოსმა ალექსანდრემ. უწმიდესის ლოცვა-კურთხევით, წლებია მამათა მონასტერია დაფუძნებული და ღვთის სადიდებელი ლოცვები აღევლინება.
